Comença el nou curs a l'Acadèmia de Ninges. Entre els nous alumnes hi ha en Rantaro, en Shinbei i en Kimaru, tres nens que aviat seran nomenats nintama, alumnes de primer any. Els nois no estan gaire interessats en l'aprenentatge, prefereixen veure la televisió, jugar a videojocs, tenir diners per a capricis i menjar el que els vingui de gust. Dia a dia, a més de seguir l'aprenentatge ninja, amb els mestres Doi i Yamada, s'enfrontaran als altres grups i clans enemics de l'acadèmia i també tindran temps d'escapar-se una estona i viure la vida, especialment estar amb les kunoichi, les noies ninges, o rebre la visita dels seus familiars.