3x3 Ulls narra les aventures de Yakumo Fujii, un estudiant japonès a qui Pai, l'última supervivent d'una raça de persones immortals amb tres ulls, converteix en el seu servent immortal per salvar-li la vida. Tots dos comencen la recerca d'un objecte màgic que els permeti convertir-se en humans normals i corrents.