Kun kaikki muu pettää, heihin voi luottaa. He ovat yhtä kuin G.I. Joe, huippusalainen eliittijoukko, joka pitää sisällään parhaat agentit eri puolilta maailmaa. Kun salaperäinen ja pahantahtoinen Cobra-järjestö varastaa huipputeknisen, salaisen aseen, G.I. Joet käyvät kilpajuoksuun aikaa vastaan estääkseen Cobraa käyttämästä asetta ja suistamasta maailmaa kaaokseen.